A la edad de 17 BJ Penn se introdujo en el mundo de Jiu-Jitsu Brasilero (BJJ) por su viejo amigo y maestro Tom Callos.El ingreso de BJJ finalmente trajo Penn al norte de California, donde se entrenó bajo Ralph Gracie y alcanzó el rango de cinturón púrpura. Con una destreza obvia para el deporte, Penn ascendió rápidamente a través de los rankings de los cinturones de BJJ. A través de su tutela en la academia "Nova Uniao" Jiu-Jitsu brasileño. BJ obtuvo su cinturón negro bajo Andre Pederneiras en tan sólo tres años de formación en el arte marcial brasileño (Un honor que se lleva la mayoría de los profesionales de 10 o más años), algo nunca antes visto y totalmente sorprendente.
El 31 de enero 2004 Penn volvió a UFC para hacer frente a un hombre que en ese momento estaba en una racha de trece peleas y parecía invencible después de seis defensas exitosas del título dentro del octágono del UFC. Fue esta lucha contra Matt Hughes en "UFC 46: Supernatural" que Penn hizo su tercer intento de ganar un título de UFC, esta vez, en la división de peso welter de la UFC. Tomó a Penn sólo cuatro minutos treinta y nueve segundos para mejor el campeón y poner fin a la pelea después de una apertura dominante y un "rear naked choke"(estrangulamiento) rápida para asegurar titulo.Luego de ganar la corona de peso welter de la UFC y de ser uno de los campeones más dominantes en la historia de los deportes, Penn, una vez más salió de la promoción para perseguir nuevos retos en todo el mundo. Fue durante este tiempo que campeón de peso welter pasaba al peso pesado para enfrentar a rivales de otro tamaño como Duane Ludwig, Renzo Gracie y Lyoto Machida.